Bei einer Infektion mit M. hyo kommt es zum Befall und in der Folge zum Absterben der Flimmerhärchen der Atemwege. Dadurch wird die Selbstreinigungskraft der Lunge geschwächt und die Ansiedelung von Sekundärerregern erleichtert. Sekundärerreger spielen eine zentrale Rolle im Infektionsgeschehen, da sie den Krankheitsverlauf erheblich verkomplizieren.
Die komplexe Interaktion des Wegbereiters M. hyo mit einem Sekundärerreger beeinflusst den Schweregrad der respiratorischen Erkrankung. Neben PRRS und PCV2 gehört M. hyo zu den drei Haupterregern des PRDC (Porcine Respiratory Disease Complex), einem Komplex von Atemwegserkrankungen des Schweins.